เรื่องสีขนของหมาบางแก้วนั้น ถือเป็นเรื่องราวที่ถกเถียงกันมาตั้งแต่ยุคแรก ยันยุคปัจจุบัน เนื่องด้วยหมาบางแก้วเป็นหมาพันธุ์ผสมที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ หรือธรรมชาติสรรสร้างมานั่นเอง และมีสีที่เป็นสีด่าง คือมีสีพื้น และสีที่เป็นลวดลาย ที่ทำให้มีความต่างและโดดเด่นในแต่ละตัวของมัน ดังนั้นเมื่อธรรมชาติสร้าง เราจึงไม่อาจกำหนดสีสันที่ชัดเจนได้ สีของมันจึงถูกกำหนดมาในตอนหลัง และดันทำให้มันมีความหลากหลายน้อยลงอย่างมากอีกด้วย 
อันนี้หมาหรือธรรมชาติไม่ได้ผิด คนเรานั่นแหละที่ต้องการกำหนดมัน และยกให้จุดนี้เป็นจุดเด่น และจุดขายของหมาเสียด้วย การถกเถียงมาสิ้นสุดลงเมื่อมีการนำมาตรฐานเข้าสู่ สมาพันธ์สุนัขโลก เมื่อสิบปีที่ผ่านมานี่เอง ว่าบางแก้วนั้นมีด้วยกันสามสี คือ ขาวเป็นสีพื้น และมีลายเป็น น้ำตาล เทา และดำ ถ้ามีสีอื่นหรือสีที่แตกต่างไปจากนี้ ให้เรียกว่าสีผสม หรือปาร์ตี้คัลเลอร์ ด้วยเหตุผลที่ว่าเพื่อการอนุโลมในการพัฒนาสายพันธุ์ด้านสีสัน เพื่อไปสู่สามสีหลัก ตามมาตรฐานที่กำหนดไว้ 
               ส่วนสีอื่นๆ ที่ถูกกำหนดว่าเป็นข้อบกพร่อง นั้นไม่ขอกล่าวถึงเพราะเป็นสิ่งที่นักพัฒนาสายพันธุ์หมานั้นต้องศึกษา และเรียนรู้อยู่แล้ว แล้วพบกันใหม่ ...สวัสดี

ทำไมหมาตัวเมียของหลวงปู่มากจึงมีสีดำ คงไม่มีใครที่เกิดทัน และจดจำได้จริงๆ หลอกว่าหมาตัวเมียในตำนานตัวนั้นที่หลวงปู่มากท่านเลี้ยงไว้มีลักษณะเป็นอย่างไร มีเพียงแต่การบอกต่อกันมา แบบไม่แน่ใจ รวมถึงผลจากการตรวจทางพันธุกรรมของหมาบางแก้วส่วนใหญ่ ที่มีการทำวิจัย และตรวจรหัสทางพันธุกรรมในช่วงก่อนที่จะมีการรับรองสายพันธุ์ จากสมาพันธ์สุนัขแห่งเอเชีย เมื่อราวปี 2548 ผลมีทิศทางไปในทางเดียวกันว่า ในสุนัขบางแก้วไม่ว่าจะเป็นสีอะไรก็แล้วแต่ จะมีรหัสทางพันธุกรรมของสีดำ...  นั้นมีอยู่ในทุกตัว และแสดงให้เห็นด้วยสายตาเราแทบทุกตัวเช่นกัน ว่าหมาบางแก้วต้องมีขนสีดำอยู่ในร่างกายไม่จุดใดก็จุดหนึ่ง มากบ้างน้อยบ้างแล้วแต่ตัว จึงเป็นข้อมูลที่มีน้ำหนักมากพอ เมื่อรวมกับคำบอกเล่า จากคนรุ่นสู่รุ่นกันมา การบันทึกเรื่องราวให้คนรุ่นต่อไปได้รู้ไปในทิศทางเดียวกันว่า จุดเริ่มของหมาบางแก้ว คือ สุนัขเพศเมียสีดำ ที่เป็นตัวเริ่มต้นในการข้ามสายพันธุ์ สู่บางแก้วในทุกวันนี้

และก็ยังไม่แน่ใจว่า สุนัขสีดำตัวนั้น ขนยาว หรือสั้นอีกด้วย อันนี้คงไม่ต้องศึกษากันแล้ว ปล่อยไปตามนั้นก็แล้วกัน เพราะวันนี้สิ่งที่เราต้องพัฒนาปรับปรุงสายพันธุ์กันต่อไป มันคือ “ไทยบางแก้ว” ...สวัสดี